สมเด็จพระราชินีเจจุน ปัทมา ทรงเป็นธิดาคนที่สองจากจำนวนพี่น้องห้าคนของนายธอนทุบ กยอลเซน กับนางโซนัม ชูกี[1] โดยพระองค์ทรงสำเร็จการศึกษาระดับมัธยมศึกษาตอนต้นที่ประเทศภูฏาน ก่อนที่จะเสด็จไปทรงศึกษาต่อที่ลอว์เรนซ์สคูล ในซานาวาร์ หิมาจัลประเทศ และที่เซนต์โจเซฟคอนแวนต์ ในกาลิมพง ประเทศอินเดีย[4] ในภายหลังได้ทรงศึกษาต่อที่มหาวิทยาลัยรีเจนต์คอลเลจ ณ กรุงลอนดอน ประเทศอังกฤษ[5][6] พระองค์มีความสนพระทัยในงานศิลปะเรอเนสซองส์ และมีงานอดิเรกคือการถ่ายภาพเช่นเดียวกับสมเด็จพระราชาธิบดี รวมทั้งยังโปรดฟังเพลงพื้นเมืองด้วยเช่นกัน[7]